Zimmermann studierte erst Rhetorik, Geschichte und Philosophie in Bern, danach Medizin in Göttingen, wo er ab 1747 Schüler seines Schweizer Landsmannes Albrecht von Haller war. Nach der Promotion 1751 in Göttingen unternahm er Studienreisen nach Leiden und Paris, wurde danach 1752 bis 1754 praktischer Arzt in Bern und ab 1754 Stadtphysikus in seiner Geburtsstadt Brugg.